Правитель по знатности сильно уступал по знатности конкурентам, но в борьбу вступил. Его сторонники объявили, что царь оставил на государство супругу, а патриарха и Бориса Годунова назначил своими душеприказчиками. Но никто им не поверил, подданных заставляли принести присягу патриарху Иову и православной вере, царице Ирине, Правителю Борису и его детям. Но она провалилась, и царица ушла в монастырь. Борис заявил, что берёт на себя управление государством, но Боярская Дума о Борисе и слышать не желала. По Москве передавались слухи, будто Годунов отравил благочестивого царя Фёдора, что бы завладеть короной. Старт «избирательной компании» оказался провальным. Но Борис не пал духом. От имени царицы Ирины он объявил амнистию всем «винным людям» и демонстративно удалился в Новодевичий монастырь. Пока в Думе Мстиславский и Романовы спорили, кто из них более достоин власти Годунов показал, что и не хочет за неё бороться как его противники. Священники по команде церковных властей объясняли прихожанам, кто является наилучшим претендентом на трон. Бориса поддержали и младшие бояре. По сведениям литовских лазутчиков за него выступали стрельцы и почти вся чернь. 7 февраля Патриарх и сторонники Годунова приняли решение о избрании его на трон. Это собрание состояло из духовенства, бояр, чинов государственных учреждений и присутствовавших в столице дворян. Биография кандидата была представлена наилучшим образом, ведь Борис был с детства «питаем с царского стола». Царь Иван Грозный сам указал, что Фёдор, Ирина и Борис равны для него как три перста. Но приказал Годунову всё царство и сына Фёдора, а последний дал Борису такое, же благословение. Подл давлением народа, который, по словам голландского купца Исаака Массы, кричал, что не знает другого более достойного быть царём, конкуренты дрогнули. И Фёдор Романов сам предложил корону сопернику.
Весной 1598 года в провинции отправились дворяне, и дьяки с царским жалованием принимать присягу новому царю. Расколотые на партии бояре не могли этому препятствовать, но явно не спешили признать худородного выскочку. И предлагали тому в соперники, бывшего по воле Ивана Грозного один год на престоле, служивого татарского царя Симеона Бекбулатовича. Не спешил с коронацией и Борис. Он якобы вновь царской власти не хотел. Но тут как нарочно пришли тревожные вести о походе крымских татар во главе с ханом на «русские окраины». Царь стал во главе армии и бояре оказались перед неприятным выбором – либо занять посты в полках, либо отказаться и налечь на себя обвинения в измене. Они подчинились.
На Оке под Серпуховом разместился огромный военный лагерь. Воины готовились к бою, но вместо хана с ордой явились татарские послы с просьбой о мире. И признали за Годуновым царский титул. Начались пиры, новый государь потчевал за царским столом, и щедро раздавал жалование служивым людям. После чего у них исчезали сомнения о его достоинстве.
3 сентября 1598 года Борис венчался на царство в Успенском Соборе Кремля. Боярам он обещал гарантии против возобновления бессудных казней. И дал тайный обет, о котором всем конечно стало известно, не проливать кровь в течении пяти лет. Завершила кампанию фальсификация избирательных документов. Грамота о царском избрании в феврале была составлена задним числом в июле. И подписывали её до начала следующего года, те представители духовенства, дворянства, которые уже были поставлены перед фактом выборов, и не присутствовали в Москве весной 1598 года.
Так правдами и неправдами Годунов достиг высшей власти, но оказался талантливым правителем. И много сделал для страны порой опережая своё время. Он в два раза снизил, выросшие при Иване Грозном, налоги. Стремился ликвидировать, не платившие налоги, частновладельческие слободы и дворы в городах. Основал главный порт «допетровской Московии» Архангельск. Заключив мир на западе со Швецией и Ручью Посполитой, Годунов решил активнее участвовать в европейской политике.
В начавшейся войне Австрии с Османской империей он предложил императору Рудольфу II помощь. И в 1595 году московские послы доставили в Вену ценные меха стоимостью 400000 рублей или 800000 талеров. Впервые в истории московиты финансировали семью европейской семьи монархов, обладавшей самой передовой армией. Обратился Борис и к делам на Востоке. Началось строительство городов-крепостей на южных и южно-восточных границах, Воронежа, Ливен, Ельца, Белгорода, Самары, Уфы, Саратова, Царицына. Развернулось также освоение Сибири, была основана её столица Тобольск. И к началу XVII века был окончательно разгромлен хан Кучум. Был заключен союз с иранским шахом Аббасом I. Под русское подданство перешла ногайская орда.
В 1588 году в устье Терека появилась первая московская крепость на Северном Кавказе. Первым из московских царей он просватал свою дочь за датского принца, и за сто лет до Петра I стал приглашать в Россию иностранных специалистов – врачей, рудознатцев, военных. Он хотел основать в Москве университет, и послал в Вену и в Оксфорд дворянских ребят, для изучения иностранных языков и прочих наук. Царь предпринял крупное строительство в Москве. Были построены каменный мост через реку Неглинку, трибуна на Красной площади для провозглашения государевых указов, закончил, длившийся целый век, возведение колокольни Ивана Великого. Под руководством архитектора Фёдора Коня были построены укрепления в Москве – Белый Город на месте нынешнего Бульварного Кольца, и Смоленский Кремль. Часть этих сооружений результат организованных впервые в нашей истории общественных работ, что бы предоставить заработок голодающим мужикам.