В отличии от Ивана Грозного, Годунов не устраивал кровавых шоу с варкой изменников в кипящем котле, или срезания мяса с их тел мелкими кусочками. У него был свой фирменный стиль. Оппонентов арестовывали, предъявляли обвинение и отсылали в места отдалённые, где они с помощью приставов тихо прощались с жизнью. Так произошло с князьями Шуйскими, казначеем Петром Головиным, братьями Романовыми. Главный же соперник Фёдор Никитич Романов был насильно пострижен под именем Филарет. Занят трон монах расстрига, не мог занять ни при каких обстоятельствах. Ещё бы с десяток спокойных лет и новая династия окрепла. Юный и образованный сын царя Фёдор Борисович вполне годился для роли продолжателя реформ. Но наследство Ивана Грозного, крепостническая политика, заложила основу для будущих потрясений. Указом 1592-1593 гг. был повсеместно отменён Юрьев день, право крестьян на уход от землевладельца. Указ 1597 года вёл пятилетний срок сыска беглых крестьян. На осваиваемых окраинах появились московские воеводы и помещики. Свободное население и беглые казаки попадали в крепостную зависимость. Полоса успехов была прервана страшным голодом 1601-1603 годов. Лето 1601 года выдалось холодным и сырым, уже в начале сентября выпал снег, и крестьяне смогли собрать лишь малую часть урожая. А то что собрали это была зяблая, недозревшая и помороженная рожь. У прикрепленных крестьян зерно требовали господа, а уйти к более разумным помещикам они теперь более не могли. Начались волнения, и правительство уже в ноябре 1601 года издало указ «О крестьянском выходе». Указ разрешал уходить от бесхлебных провинциальных дворян, но не позволял уходить из монастырей, из дворцовых имений и богатых московских дворян.
Борис понимал, что крестьяне мелких провинциальных помещиков не имеют запасов, и им грозит голод. В тоже время у помещиков побогаче, у монастырей были многолетние запасы хлеба. Например, в Иосифо-Волоколамском монастыре были запасы хлеба на три года. В Кирило-Белозёрском монастыре на шесть лет. Царь снарядил розыск по всей стране, Годунов обращался с призывами к владельцам хлеба, требовал, что бы хлеб продавали по более дешёвой цене, но царь не мог настоять на выполнении своих распоряжений. Богатые помещики ожидали дальнейшего повышения цен, а бедные помещики в свою очередь не отпускали своих крестьян, и стремились любой ценой удержать рабочую силу. Начался голод.
Весной 1601 года четверть ржи в центральных районах стоило 30-32 деньги, осенью 60-70 деньги. В феврале 1602 года уже целый рубль, то есть 200 денег. Грянувший весной мороз погубил посевы озимых. Цена ржи осенью 1602 года достигла трех рублей за четверть. И у многих крестьян уже не было зерна для посевов.
В 1603 году погода была хорошая, но поля стояли пустыми, и голод продолжался. Борис Годунов распорядился выдать в Москве милостыню голодающим. И в столицу со всех сторон повалили люди. Запасы казны быстро иссякли, и голодающие умирали на улицах города. Голодающие собирались в отряды, нападали на дома богатых крестьян и на помещичьи усадьбы. Из-за ужасной дороговизны и голода начались столь страшные бесчеловечные и никогда не слыханные убийства. С осени 1602 года разбоями были охвачены многие районы страны. Сохранились сведенья о посылке карательных отрядов во Владимир, Волоколамск, Вязьму, Можайск, Ржев, Коломну. Летопись говорит, что царь Борис не мог справиться с разбойниками. Разбойников хватали на месте преступления и сжигали заживо, либо топили в воде. Беглые и холопы собирались в крупные отряды, против которых приходилось посылать войска.
В 1603 году было восстановлено, на этот раз окончательно, крепостное право. Последствия голода и колебаний стали гибельными для династии. В глазах знати Борис всегда был худородным. Теперь он оказался плохим царём и для служивых и для крестьян. Природные бедствия воспринимались людьми как наказания стране, оказавшейся под властью, грешного или не истинного, царя. А тут ещё как назло сосватанный за Ксению Годунову сын датского короля, принц Ганс, прибыл в Москву, но заболел и умер до свадьбы. В такой атмосфере просто должен был появиться царь истинный, природный.
Григорий Oтрепьев, бывший дворянин на службе бояр Романовых, осенью 1604 года перешёл Московскую границу как чудесно спасённый царевич Дмитрий. Его польско-казацкий отряд был сразу же разгромлен. Но самозванец получил поддержку крестьян, посадских людей и казаков с южной границы, открывавших ему ворота крепостей. Армия казалась бессильна. Первый выборный царь не пережил крах своего дома. Ему в последний раз повезло. 13 апреля 1605 года Борис Годунов умер от инсульта.
Он не увидел триумфа самозванца, и не узнал о том, что его приверженцы убили юного царя Фёдора Борисовича и его мать. Его тело вынесли из царской усыпальницы, а в глазах современников и потомков он навсегда остался обычным злодеем и детоубийцей.